A origem do Município remonta ao final do século XVIII, quando a coroa portuguesa distribuiu terras nas margens da Lagoa dos Patos a militares que se destacaram nas guerras contra os espanhóis. Os proprietários construiram capelas em devoção aos seus santos prediletos. Em 1807, os moradores da Fazenda do Boqueirão construíram a capela de Nossa Senhora da Conceição, ao redor da qual desenvolveu-se o povoado que é o berço do município. Em 1830, o povoado da Fazenda do Boqueirão, foi elevado à

Freguesia, por Dom Pedro I, sendo desmembrado da Vila de Rio Grande e incorporado à Vila de São Francisco de Paula, atual Pelotas.

Em 1850, o Coronel José Antonio de Oliveira Guimarães doou parte das terras da fazenda para uma nova povoação e, em 1858, firmou contrato com o prussiano Jacob Rheingantz que deu origem à colonização alemã, predominantemente pomerana na região. O pequeno porto localizado na embocadura do Arroio São Lourenço, que já servira à esquadra comandada por Giuseppe Garibaldi durante a Revolução Farroupilha, tornou-se um dos mais importantes portos de veleiros mercantes do sul do Brasil, contribuindo para o progresso da colônia que foi grande produtora de batata durante o século 19 e parte do século 20. A casa onde Rheingantz instalou a administração da colônia e a sua residência está preservada e integrada ao patrimônio arquitetônico do Município.

Palco de muitas batalhas no século 19, devido à Revolução Farroupilha, São Lourenço do Sul abriga importantes passagens da história sobre a formação do Estado do Rio Grande do Sul. A Fazenda do Sobrado, localizada nas margens da Lagoa dos Patos e que serviu de refúgio para Giuseppe Garibaldi, além de ser usada como quartel-general por Bento Gonçalves durante as batalhas contra o Exército Imperial, é uma prova testemunhal destes fatos.

Esses acontecimentos são mantidos vivos na memória da cidade e preservados para a posteridade. É com esse espírito que São Lourenço escreve sua história, com muito respeito ao que passou e ávida por novas conquistas.

Muito embora a Freguesia de Boqueirão tenha sido elevada à condição de vila e emancipada de Pelotas em 26/4/1884, a sede do novo município foi transferida em 15/2/1890 para São Lourenço, que em 31/3/1938 passou a ser cidade.